脱獄はほんの始まりだった…。白昼堂々、銀行を襲撃したマイケル・スコフィールド。彼には目的があった…死刑囚となった兄、リンカーン・バローズがいるフォックスリバー州立刑務所に自ら収監されること。無実の罪を着せられた兄の命を救えるのは、設計士としてフォックスリバーの構造を熟知する自分のみ。マイケルの驚くべき計画はやがて空前の脱獄事件となって結実、一般市民のなかに8人の脱獄犯が解き放たれた。リンカーンの無実を証明しようと格闘する兄弟の前に、立ちはだかる捜査当局。さらに二人の命を狙う謎の組織が彼らに迫る。脱獄犯の面々、脱獄事件、それに続く捜査過程を記したFBIファイル、ついに公開!機密文書に盛り込まれた極秘情報とは…。