パズルを解く天才・大門カイトは「神のパズル」に挑む資格のある者=ファイ・ブレインだ。幾度も謎の組織・POGに命がけのパズル・バトルを挑まれるも、常に勝利。ある日、かつての親友・ルークがカイトの前に現れ!?